Ninjutsu je izgrađen kao veoma ilegalan sistem, jer se suprotstavljao kulturi vodeće samurajske elite, i iz tog razloga koreni ove veštine su vekovima pokriveni velom tajanstvenosti i skrivanja, to je izazvalo konfuziju u istoriji. Za razliku od japanskog društva koje je postalo jako stilizovano, rangirano i jako kontrolisano od strane Imperatora, nindže su živeli kao prirodnjaci i mistici. Za vreme japanske istorije nindže su vršile uticaj iz senke u svim oblastima da bi osigurali opstanak i nezavisnost njihovih porodica i zemlje. Kolevke ninjutsu-a su regioni Iga i Koga, gde je ninjutsu doveden do perfekcije (između 1024 – 1074 godine) od strane preko 70 porodica. Japanska istorija je pisana tako da veliča sjaj samuraja i njihovu etiku, a sakrije ulogu nindži u njenom nastanku. Zbog svega toga, ljudima je danas teško da shvate stvarnu svrhu i ideale nindži.Tokom burne Japanske istorije, nastajali su razni ninđucu borbeni sistemi. Tačna godina se ne može utvrditi jer su se oni postepeno razvijali i usavršavali kroz borbu.
Tehnike su se prenosile sa kolena na koleno, i tako se generacijama usavršavale. Ako tehnika nije bila efikasna, borac bi poginuo u borbi i ona ne bi bila prenešena dalje.
Devet škola je opstalo do danas, i svih devet je nasledio veliki dr. Masaki Hatsumi od svog učitelja Tošicugu Takamatsua, po kome i kasnije daje naziv BUJINKAN (božiji ratnik), zbog iskrenog verovanja da je Takamatsu sensei bio božanski ratnik. Tako da je sadanšnji Bujinkan dođo, Soke Masaki Hatsumi stvorio po uspomeni na svog velikog učitelja i mentora Takamatsu sensi-a, čoveka koji mu je bio ne samo učitelj i prijatelj već mu je ukazao veliko poverenje i čast da on bude sledeći Soke i naslednik devet borilačkih tradicija.
Škole, stilovi, koje je Soke Hatsumi nasledio od Takamatsu sensei-a su:
Togakure ryu
Kumogakure ryu
Gyokushin ryu
Gyokko ryu
Kotto ryu
Takagi Yoshin ryu
Shinden Fudo ryu
Kukishinden ryu
Gikan ryu
