Ninjutsunväxte fram som ett illegalt system, eftersom den motsatte sig den ledande samurajklassens kultur.På grund av detta har dess uppkomst dolts sedan århundraden tillbaka, vilket leder till en diffus historia.Ninjutsus rötter fördes vidare, väl bevarade och i hemlighet. Till skillnad mot japanska samhället som blev formellt,strukturerat och i stort sett kontrollerat av Kejsaren, levde ninjor som naturmänniskor och mystiker.
Under historiens gång hade ninjor stort inflytande från”skuggor”i alla områden för att säkra sin överlevnad och oberoende för sina familjer och mark. Ninjutsus födelseort är Iga- och Kôga-regionen, där den utvecklades till perfektion (mellan 1024-1074) av fler än 70 familjer. Japans historia är skriven på ett sätt som glorifierar samurajer och deras etikför att samtidigtdölja ninjas roll. Vilket gör det svårt för människor idag att förstå ninjas verkliga ändamål och ideal. Under Japans våldsamma historia har man utvecklat olika ninjutsu metoder för strid. Det är svårt att peka ut ett exakt år eftersom dessa metoderständigt har utvecklats och förbättrats under strid genom åren.
Tekniker fördes vidare från generation till generation och på så sätt förbättrades de kontinuerligt. Om tekniken inte var effektiv, skulle krigare falla i strid och den skulle inte kunna föras vidare.
Det finns nio olikastridkonster idag. Stormästare dr MasaakiHatsumiärvde ledarskapet och titelnSôkeHatsumiför de nio stridsskolorav sin mästare Toshitsugu Takamatsu. Mannen som inte bara varit hans mentor, lärare och vän utan ävenen person, som känt stor tillitgentemot sin elev. För att hedra sin Senseiuppstod namnet BUJINKAN (den gudomlige krigaren), eftersom han ärligt trodde att Takamatsu Sensei verkligen var den gudomlige krigaren.Och som vi i nutid känner till och kallar för Bujinkan Dojo.
Skolor, stilar som SôkeMasaakiHatsumi fört vidare i arv från Takamatsu Sensei är:
Togakure ryu
Kumogakure ryu
Gyokushin ryu
Gyokko ryu
Kotto ryu
Takagi Yoshin ryu
Shinden Fudo ryu
Kukishinden ryu
Gikan ryu
